Theo ông Dương Đức Tuấn - Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội, dự án tuyến đường sắt Cát Linh - Hà Đông được vận hành qua 3 giai đoạn. Giai đoạn vận hành thử đã thành công, an toàn tuyệt đối dưới sự giám sát của tư vấn và các cơ quan chức năng.

Giai đoạn 2 từ ngày 6/11/2021, kéo dài khoảng một năm, sau đó đánh giá, đủ kiều kiện sẽ chuyển sang giai đoạn 3 - khai thác vận hành bền vững.

Trong những ngày đầu, đường sắt Cát Linh - Hà Đông sẽ chạy 6 đoàn tàu với giãn cách 10 phút/chuyến. Sau 6 tháng sẽ chạy 12 đoàn tàu với tần suất 6 phút/chuyến, còn 1 đoàn tàu dự phòng.

Trong 15 ngày đầu hành khách được miễn phí đi tàu. Sau đó dự kiến giá vé tàu Cát Linh được tính theo quãng đường di chuyển của hành khách, trong đó tối đa 15.000 đồng/lượt nếu đi toàn tuyến và thấp nhất là 8.000 đồng với quãng ngắn nhất. Giá vé ngày 30.000 đồng/người (không giới hạn số lượt đi lại trên tuyến theo ngày).

Giá vé tháng có các mức 200.000 đồng/người cho hành khách phổ thông; 100.000 đồng/người cho học sinh, sinh viên, người lao động tại các khu công nghiệp. Người lao động tại các văn phòng, công sở, doanh nghiệp ngoài khu công nghiệp mua vé tháng theo hình thức tập thể, được áp dụng mức 140.000 đồng/người/tháng. Người có công, người cao tuổi, người khuyết tật, trẻ em dưới 6 tuổi, nhân khẩu thuộc hộ nghèo được miễn vé.

Hành khách có thể mua vé tại máy bán vé tự động bằng tiền mặt hoặc trực tiếp tại quầy bán vé, sau đó lên tàu tại sảnh ga tầng 2.

Để mua vé tàu Cát Linh - Hà Đông, theo hướng dẫn của nhân viên tại ga, để mua vé tại quầy bán vé tự động, khách hàng dùng tiền mặt đưa vào khe nhận tiền, chọn ga đến. Các nút bấm trên máy dạng cảm ứng tay. Sau khi nhận tiền, máy sẽ nhả vé (thẻ nhựa) và tiền thừa (nếu có). 

Theo thiết kế, hệ thống máy bán vé chưa có chế độ cài đặt tích hợp mua bằng thẻ thanh toán (ngân hàng) nên ban đầu chỉ bán theo hình thức nhận tiền mặt. Tại các quầy bán vé tự động có nhân viên nhà ga trực hỗ trợ khách hàng mua vé.

Trường hợp khách không mua tại máy bán vé tự động có thể mua trực tiếp tại quầy bán vé tại sảnh. 

Để lên tàu, khách dùng vé đi qua cổng soát vé tự động (bằng cách quẹt thẻ) để lên đợi tàu. Tại ga xuống, hành khách cũng phải dùng thẻ quẹt (đưa vào khe cổng soát vé) tại sảnh ga tầng 2 (nơi bán vé, kiểm soát vé) để đi qua cổng soát vé chiều ra.