Theo đó, việc thanh toán bảo hiểm y tế đối với xét nghiệm Covid-19 thực hiện theo các văn bản hướng dẫn của Bộ Y tế và Bảo hiểm xã hội Việt Nam, với mức giá dịch vụ xét nghiệm vi khuẩn, vi rút, vi nấm, ký sinh trùng Realtime PCR là 734.000 đồng/mẫu xét nghiệm.
Đối với mẫu đơn, tính theo mức giá trên. Trong trường hợp đơn vị lấy mẫu phải gửi mẫu xét nghiệm cho đơn vị khác thực hiện, Bộ Y tế đề xuất tạm tính và đề nghị thanh toán bảo hiểm y tế theo cơ cấu: Mức giá dịch vụ lấy và bảo quản bệnh phẩm là 117.800 đồng/mẫu; mức giá thực hiện xét nghiệm là 616.200 đồng/mẫu.
Đối với mẫu gộp, Bộ Y tế tạm thời hướng dẫn: Mức giá của việc lấy và bảo quản bệnh phẩm là 100.000 đồng/mẫu; mức giá việc thực hiện xét nghiệm bằng 634.000 đồng chia cho số mẫu gộp. Trường hợp gộp mẫu phát hiện dương tính, phải tiếp tục làm các xét nghiệm mẫu đơn thì chi phí thực hiện xét nghiệm được tính tiếp theo trường hợp mẫu đơn.
Với đối tượng không thanh toán bảo hiểm y tế, mức giá tối đa của dịch vụ xét nghiệm vi rút SARS-CoV-2 bằng kỹ thuật Realtime PCR từ bệnh phẩm dịch hầu họng (áp dụng cho mẫu đơn) là 734.000 đồng/mẫu xét nghiệm. Trong đó, mức giá dịch vụ lấy và bảo quản bệnh phẩm tối đa là 117.800 đồng/mẫu, mức giá xét nghiệm tối đa là 616.200 đồng/mẫu.
Đối với mẫu gộp, trường hợp cấp có thẩm quyền quyết định mức giá cụ thể của dịch vụ xét nghiệm vi khuẩn, vi rút, vi nấm, ký sinh trùng Realtime PCR có định mức kinh tế kỹ thuật thì xác định chi phí lấy mẫu, chi phí xét nghiệm theo định mức. Trường hợp không có định mức thì xác định chi phí lấy mẫu và chi phí xét nghiệm tương đương với tỷ lệ cơ cấu chi phí nêu trên.
Trường hợp không có quyết định phê duyệt định mức kinh tế kỹ thuật, Bộ Y tế hướng dẫn tạm thời chi phí thực hiện xét nghiệm: Mức giá tối đa của việc lấy và bảo quản bệnh phẩm là 100.000 đồng/mẫu; mức tối đa của việc thực hiện xét nghiệm với mẫu gộp là 634.000 đồng chia cho số mẫu gộp. Trường hợp mẫu gộp phát hiện dương tính, phải tiếp tục làm các xét nghiệm mẫu đơn, thì chi phí thực hiện xét nghiệm được tính tiếp theo trường hợp mẫu đơn.
Trường hợp đi lấy mẫu, thực hiện xét nghiệm không thu tiền test, kit, vật tư từ nguồn phòng, chống dịch, nguồn hỗ trợ của Bộ Y tế và các tổ chức, cá nhân thì phải trừ chi phí kết cấu của test, kit, vật tư lấy mẫu, xét nghiệm khi thanh toán. Riêng đối với sinh phẩm chẩn đoán Realtime PCR mức trừ tối đa là 349.300 đồng/mẫu xét nghiệm tính theo mẫu đơn.
Đối với xét nghiệm Covid-19 bằng test nhanh, Bộ Y tế đề nghị trước mắt, các đơn vị thực hiện thanh toán thực thanh, thực chi.