Trong quá trình điều tra, cơ quan công an xác định Nguyễn Văn Giỏi đã có hành vi trực tiếp chỉ huy, điều hành hoạt động thi công, phụ trách chất lượng, kỹ thuật thi công và nghiệm thu khối lượng hoàn thành của hạng mục "Đắp bao tải cát dưới nước xử lý hố xối bằng xà lan 200T" có mã hiệu TLB.22511 thiếu khối lượng cát 13.975,5 m3, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước trên 9,6 tỷ đồng; và thiếu 6 thảm đá của hạng mục thả thảm đá, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước trên 60 triệu đồng đối với Gói thầu số 11: Thi công xây lắp hạng mục xử lý sạt lở khu vực thị trấn Vĩnh Thạnh Trung (Đoạn 1) thuộc Dự án xử lý sạt lở khẩn cấp sạt lở bờ sông Hậu đoạn qua thị trấn Vĩnh Thạnh Trung và xã Bình Mỹ, huyện Châu Phú, tỉnh An Giang.

Sau khi tống đạt các quyết định và lệnh bắt tạm giam, Cơ quan Cảnh sát Điều tra Công an tỉnh An Giang đã tiến hành khám xét nơi ở, nơi làm việc của bị can Giỏi. Qua khám xét, thu giữ nhiều tài liệu có liên quan để phục vụ công tác điều tra.

Liên quan đến vụ án, trước đó Cơ quan Cảnh sát Điều tra Công an tỉnh An Giang đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can và bắt tạm giam đối với các bị can: Nguyễn Văn Du (sinh năm 1968, cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án công trình giao thông và nông nghiệp tỉnh An Giang) về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng”; Ngô Hồng Việt Chương (sinh năm 1980, Giám đốc Công ty TNHH Tư vấn xây dựng Song Tiến) và Phạm Quang Vinh (sinh năm 1989, nhân viên Công ty Song Tiến) về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”.