Công trình chánh điện tại Học viện Phật giáo Nam Tông Khmer được xây dựng trên tổng diện tích 6,7ha, gồm 14 hạng mục như khu vực cây xanh, ngôi chánh điện, khu hiệu bộ, giảng đường, thư viện, tăng xá, nhà trưng bày…. 

Riêng ngôi chánh điện được xây dựng với quy mô, chiều dài 40m, chiều ngang 20m, chiều cao 24,9m, 4 cầu thang 4 phía; thời gian thi công 18 tháng. Kinh phí xây dựng chánh điện từ nguồn xã hộ hóa, vận động Chư tăng, phật tử các chùa, mạnh thường quân, nhà hảo tâm đóng góp.

Việc xây dựng ngôi chánh điện có ý nghĩa rất quan trọng trong đời sống, sinh hoạt của các Chư Tăng, sinh viên tại Học viện như: thực tập thiền tọa, lễ Phật, tụng kinh.... Đồng thời, khi ngôi chánh điện hoàn thành sẽ có thêm không gian để tổ chức các sự kiện quan trọng của Phật giáo như: hội thảo, tọa đàm và sinh hoạt học thuật,.. trong nước cũng như khu vực.