Phú Quốc hiện có 7 xã và 2 phường. UBND Tp. Phú Quốc đề xuất sáp nhập các phường xã theo hai phương án.

Phương án 1: Sau khi tổ chức lại đơn vị hành chính xã, phường, Tp. Phú Quốc sẽ còn lại 2 đơn vị hành chính cấp cơ sở (giảm 7 xã, phường so với trước khi thực hiện sáp nhập).

Cụ thể, tổ chức lại đơn vị hành chính 8 xã, thành 1 đơn vị hành chính cấp cơ sở (theo không gian và định hướng phát triển) với diện tích của là 575,29km2 (trong đó diện tích đất rừng gồm rừng đặc dụng và rừng phòng hộ); quy mô dân số: 159.844 người. Tên gọi mới dự kiến là Đặc khu Phú Quốc. Dự kiến trụ sở đặt tạm thời tại số 04, đường 30 tháng 4, phường Dương Đông (hiện hữu). Về dài hạn, thực hiện về trung tâm hành chính mới tại đầu phía Đông sân bay cũ (sau tượng Bác Hồ tại Quảng trường Hồ Chí Minh).

Thực hiện giữ nguyên trạng xã Thổ Châu với diện tích 13,98km2, quy mô dân số là 1.832 người. Tên gọi mới dự kiến là Đặc khu Thổ Châu, trụ sở đặt tạm thời tại trụ sở (cũ), về dài hạn thực hiện theo quy hoạch.

Phương án 2: Sau tổ chức lại đơn vị hành chính xã, phường, Tp. Phú Quốc sẽ còn lại 3 đơn vị hành chính cấp cơ sở (giảm 6 xã, phường so với trước khi thực hiện sáp nhập).

Cụ thể, tổ chức lại đơn vị hành chính xã, phường, Tp. Phú Quốc, trên định hướng không gian phát triển theo đơn vị hành chính cấp xã Gành Dầu, Cửa Cạn, Bãi Thơm, Cửa Dương, Dương Đông; 1 phần diện tích của xã Dương Tơ (2.631,8ha) và 1 phần diện tích của xã Hàm Ninh (2.762,3ha), với tổng diện tích 450,29km2; quy mô dân số là 81.671 người. Tên gọi mới dự kiến là Đặc khu Bắc Phú Quốc. Dự kiến trụ sở đặt tạm thời tại trụ sở (cũ) số 4, đường 30 tháng 4, phường Dương Đông (hiện hữu). Về dài hạn, thực hiện về trung tâm hành chính mới tại đầu phía Đông sân bay cũ (sau tượng Bác Hồ tại Quảng trường Hồ Chí Minh).

Tổ chức lại đơn vị hành chính xã, phường, Tp. Phú Quốc, trên định hướng không gian phát triển theo đơn vị hành chính cấp xã An Thới và 1 phần diện tích các xã Dương Tơ và Hàm Ninh, với diện tích là 125,0km2, quy mô dân số là 69.573 người. Tên gọi mới dự kiến là Đặc khu Nam Phú Quốc, trụ sở dự kiến đặt tạm thời tại trụ sở (cũ) đường Nguyễn Văn Cừ, phường An Thới (hiện hữu). Về dài hạn, thực hiện theo quy hoạch hoặc tại khu đô thị Tân Á Đại Thành. 

Còn xã Thổ Châu vẫn giữ nguyên như phương án 1.