Theo kết quả điều tra, vào năm 2014, với vai trò là Trưởng phòng TN&MT, kiêm Giám đốc Văn phòng đăng ký đất đai huyện Thường Xuân, Lê Văn Khánh đã tham mưu cho Chủ tịch UBND huyện phê duyệt điều chỉnh quy hoạch và quyết định cho phép chuyển mục đích sử dụng đất; đề nghị Chủ tịch UBND huyện phê duyệt mức giá chuyển mục đích sử dụng đất 100.000 đồng/m2 (thấp hơn giá quy định). Trực tiếp ký 2 phiếu chuyển thông tin địa chính ghi rõ mức giá 100.000 đồng/m2 để tạo điều kiện cho công dân xây dựng cơ sở chế biến lâm sản, trái quy định của pháp luật về đất đai, gây thiệt hại ngân sách nhà nước tổng số tiền là 1.394.815.000 đồng.

Hiện Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh đang tiếp tục điều tra mở rộng vụ án.