Khởi đầu, chùa khá đơn sơ và tạm bợ, chỉ sau đợt đại trùng tu kéo dài 10 năm (1998 - 2008), ngôi chùa mới có diện mạo như ngày nay với 5 tầng, diện tích 200m2.
Màu sắc kiến trúc của người Hoa thể hiện rõ ở ngôi chùa từ cổng vòm, hoa văn trên mái ngói đến màu đỏ hiện diện khắp nơi. Chánh điện (Đại điện Quang Minh) uy nghi và trang nghiêm với một loạt pho tượng đa dạng và nhiều loại kích cỡ khác nhau từ Thích Ca Mâu Ni, Bồ Tát Văn Thù, Bồ Tát Phổ Hiền... Đặc biệt, đài sen bằng đồng dưới chân tượng Phật Thích Ca Mâu Ni được chế tác công phu, tinh xảo. Ẩn sau 1.000 cánh sen này là những bức tượng Phật nhỏ có màu trắng ngà tạo nên một hình tượng rất đẹp. Và trên tường của Đại điện là 10.000 tượng nhỏ, được đặt cạnh nhau thật ấn tượng, tạo ra sự độc nhất vô nhị của ngôi chùa Vạn Phật. Ngoài ra, chùa còn có tượng Tứ đại Thiên vương được đặt theo bốn hướng - những người canh giữ thế giới và Phật pháp theo quan niệm của người Hoa.
Chùa Vạn Phật hơn 50 năm qua vừa là trung tâm tu học, thuyết giảng Phật pháp cho đông đảo Phật tử người Hoa, người Việt vừa là nơi đứng ra tổ chức các hoạt động từ thiện xã hội của Phật giáo quận 5 nhằm cứu trợ, giúp đỡ người nghèo có hoàn cảnh khó khăn cũng như trẻ em cơ nhỡ./.